Les fouilles archéologiques au château de Kruja s'avèrent être une colonie illyrie depuis le 3ème siècle av.
Le village voisin de Zgërdhesh aurait été l'Albanopolis mentionné par Ptolémée au deuxième siècle de notre ère. Avec son abandon au début du Moyen Âge, les habitants ont trouvé une place plus protégée à Kruja et, au fil du temps, la ville est devenue importante pour toute la province.
Il est mentionné pour la première fois en tant que centre d'évêché dans un document en 879.
Kruja était au centre du premier état féodal albanais qui, en 1190, était chargé du Progon et plus tard de ses fils Gjin (1198-1206) et de Dhimitri (1206-1216).
La ville a atteint son apogée aux XIIIe et XIVe siècles. Les ormans l'ont envahi pour la première fois en 1396 et deuxièmement en 1415. En 1430, une rébellion menée par Gjon Kastrioti a éclaté.
Avec le retour de son fils Skanderbeg en 1443, Kruja est devenu le centre de l'épopée albanaise du XVIe siècle contre les Ottomans et son nom, alors connu dans toute l'Europe. Skanderbeg a résisté aux trois frères et sœurs 1450, 1466 et 1467.
Les Ottomans réussirent à l'obtenir en 1478. La ville s'est effondrée, beaucoup d'habitants ont été massacrés, le reste a migré.

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