Gli scavi archeologici al Castello di Kruja si rivelano un insediamento ilirico sin dal III secolo aC. Il vicino villaggio di Zgërdhesh è pensato per essere l'Albanopolis menzionato da Ptolemy nel secondo secolo della nostra epoca. Con il suo abbandono all'inizio del Medioevo, gli abitanti trovarono un posto più protetto in Kruja, e nel tempo la città divenne importante per tutta la provincia. È menzionato per la prima volta come centro vescovile in un documento nel 879. Kruja era al centro del primo stato feudale albanese, che nel 1190 fu responsabile di Progon e poi dei suoi figli Gjin (1198-1206) e Dhimitri (1206-1216). La città ha raggiunto il suo picco nei secoli XIII e XIV. Gli ormani lo invadono per la prima volta nel 1396 e secondo nel 1415. Nel 1430 scoppiò una ribellione guidata da Gjon Kastrioti. Con il ritorno di suo figlio Skanderbeg nel 1443, Kruja divenne il centro dell'epoca albanese del XVI secolo contro gli ottomani e il suo nome, conosciuto in tutta Europa. Con Skanderbeg resistette ai tre fratelli 1450, 1466 e 1467. Gli Ottomani riuscirono a farlo nel 1478. La città crollò, molti abitanti furono massacrati, il resto migrò.

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