Vendndodhja e Istogut përmendet që nga kohërat e lashta. Sipas burimeve historike thuhet se Istogu është zgjeruar në pjesën e territorit midis Istogut të madh dhe Istogut të vogël, ku bashkohet lumi i Istogut me lumin Qaush. Sipas shënimeve ishte një koloni romake që ndodhej në vendin që i takon Istogut sot. Istogu përmendet gjithashtu si vend në fund të shekullit. XIV kur kjo pjesë e Dardanisë ishte nën pushtimin sllav.
Gjatë sundimit turk, Istogu si një vendbanim ka qenë i njohur për fabrikat e drithërave dhe punëtoritë e përpunimit të leshit (zhugunit).
Me dekret ligjin më 30 prill 1942, Istogu u shpall CYTTE. Istogu sipas këtij dekreti fiton edhe funksionin administrativ. Kështu më 29 dhjetor 1978, Istogu shpallet CITES me një sipërfaqe të caktuar duke përfshirë
Istogu si komunë është i pasur me vlera arkeologjike.
Vendet arkeologjike shtrihen në këmbët e periferisë së Bjeshkëve të Thatë, duke filluar nga lindja në perëndim.
Harta arkeologjike e Istogut do të dukej kështu:
-Syrigans (Suhogerll), zgjidhja ilire e kohëve neolitike-koha e re e gurit në kohën e "qytetit".